La Direction de la recherche a été mise en place en 1991 avec la création de l’INSP mais ses activités ont commencé en 2005 avec comme missions essentielles de mener des études pertinentes en santé publique et de promouvoir la recherche en santé. Pour cela, elle se doit de produire des connaissances utiles aux décisions de politiques sanitaires dans le pays et de former à terme des acteurs nationaux à la recherche.
L’équipe scientifique de la direction de la recherche est encore petite mais multidisplinaire avec 7 chercheurs qui sont aussi impliqués dans les enseignements aussi bien du BAC que du programme de formation de Master : 2 médecins de santé publique dont un candidat Ph D, 3 épidémiologistes dont un médecin, 1 socio-anthropologue et 1 Master en santé publique. C’est une équipe avec des compétences sur les logiciels d’analyse des données entre autres Epiinfo, Stata, SPSS, R commander, ODK, etc.