Sous la tutelle du Ministère de la santé publique et de la lutte contre le SIDA, l’Institut est dirigé par un Directeur Général, assisté par quatre directeurs.
L’INSP dépend directement du Cabinet du Ministre de la Santé Publique. Il est doté d’un Conseil d’administration qui rend compte directement au Ministre de la Santé Publique. Il est composé de quatre directions coordonnées par une Direction générale.
Organigramme de l’INSP, 2023